Dans les laboratoires universitaires et dans les centres de recherche, les budgets pour la recherche en sclérose en plaques existent mais sont limités. Chaque année les équipes de chercheurs se tournent vers la Fondation Charcot.

Ces subsides sont gérés par les Universités ou les Centres Hospitaliers suivant les mêmes règles et procédures que les subsides alloués par le Fonds National de la Recherche Scientifique.

Le Jury du Fonds Charcot est composé de sept membres. Outre le président de la Fondation Charcot, le jury du Fonds Charcot est composé par moitié de membres du bureau de la Société Belge de Neurologie et par moitié de membres du Groupe Belge d'Etude de la Sclérose en Plaques. Il est chargé de sélectionner les demandes de subsides soumises chaque année à la Fondation Charcot.