Le Fonds Charcot dispose d'un budget annuel de 125.000 € à attribuer à des travaux de recherche fondamentale susceptibles de faire progresser les traitements de la sclérose en plaques. 

Le Jury du Fonds Charcot est composé de sept membres. Il est chargé de sélectionner les demandes de subsides soumises chaque année à la Fondation Charcot.

Depuis sa création, la Fondation Charcot a financé des recherches fondamentales en Belgique, pour près de 2,4 millions d'euros.